Estos temas fueron clasificados en tres grandes áreas, las cuáles son el núcleo sobre el cual se estructura el trabajo del CIDES: Educación, Modernización Institucional y Competitividad.

En cada uno de estos temas se han elaborado planes de trabajo, buscando consolidar al centro de pensamiento como una institución con proyección pública, que día a día busca ser fuente de referencia para los temas de desarrollo en el país.  Esta visión tiene como base cinco principios básicos que gobiernan el actuar de la fundación:

1. Virtuosidad: con la capacidad de identificar una agenda propositiva de trabajo, delegando en investigadores y expertos la preparación de propuestas orientadas al desarrollo del país, dando seguimiento a las estrategias de trabajo para que los objetivos sean alcanzados.
2. Incidencia: ser un centro de pensamiento que proponga y ponga en práctica las propuestas de trabajo, fomentando que las mismas se ejecuten.
3. Multiplicación de Recursos: aprovechando las capacidades y habilidades de distintos expertos, la fundación busca el apoyo de distintos investigadores para la generación de ideas y propuestas en cada uno de los temas que dentro de FUNDESA se consideran como importantes para el desarrollo del país.
4. Variedad de Fuentes de Información: se busca contar con un marco de análisis amplio, buscando integrar en cada iniciativa los distintos puntos de vista de los actores principales en la sociedad.
5. Agenda Dinámica: a pesar de que se busca alinear cada uno de los temas en los que la fundación incursiona dentro de las tres grandes áreas de trabajo, continuamente se discute la posibilidad de incluir nuevos temas que complementen el análisis de la situación del país en cuanto al tema de desarrollo.